تربط قاعدة KEGG الجينات بالمسارات الأيضية والإنزيمات والمركبات والأدوية والأمراض، وتتبّع هذه الروابط يدويًا يكلّف باحث المعلوماتية الحيوية تنقلًا بين صفحات كثيرة ونسخ المعرّفات بينها. هذه الإضافة لـ Claude Code تشغّل خادم kegg-mcp-server، فيبحث Claude في القاعدة بنفسه ويتبع الروابط بين أقسامها، ثم يكتب لك النتيجة مع سياقها البيولوجي بدل قائمة معرّفات مجرّدة.
ثلاثة أوامر جاهزة
- kegg: بحث عام تكتب بعده كلمتك، فيختار القسم المناسب من صيغتها بين عشرة أقسام، منها المسارات والجينات والإنزيمات بأرقام EC والأمراض والأدوية ومجموعات التماثل KO. يعرض النتائج قائمة مرقّمة، وتكتب رقمًا منها لتصلك تفاصيله.
- kegg-pathway: يقبل معرّف مسار أو كلمة من اسمه، ويعرض إنزيماته ومستقلباته، ويرسم له مخططًا نصيًا بحروف ASCII.
- kegg-drug: يبدأ من اسم دواء، فيجلب تصنيفه وأهدافه وطريقة استقلابه، ويبحث عن جين كل هدف في الإنسان (hsa)، ويتتبع المسارات التي يشارك فيها، ثم يفحص التداخلات الدوائية المسجّلة.
وكيل ومهارة للتحليل الأطول
خلف الأوامر خادم يصفه صاحبه بأنه يقدّم 34 أداة للقراءة فقط ولا يحتاج مفتاح API. الوكيل kegg-bioinformatics يتولى الأسئلة المفتوحة: يبدأ ببحث واسع ثم يتعمق، ويستعمل convert_identifiers للانتقال بين معرّفات KEGG وUniProt وNCBI وPDB، وbatch_entry_lookup لجلب حتى 50 مدخلًا في استدعاء واحد. أما المهارة kegg-analysis فتفصّل خطوات ثلاثة تحليلات: إثراء المسارات من قائمة جينات، وتتبّع أهداف دواء مثل metformin وتداخلاته، ومقارنة مسار بين كائنات مختلفة، كالتحلل السكري map00010 بين الإنسان وبكتيريا E. coli والخميرة، مع get_gene_orthologs لتمييز الإنزيمات المحفوظة من الخاصة بكل نوع.
مثال من ملف الأمر
تكتب في Claude Code: /kegg-mcp-server:kegg-pathway hsa00010، أي التحلل السكري في الإنسان. بحسب تعليمات الأمر يستدعي Claude أربع أدوات بالترتيب: get_pathway_info ثم get_pathway_genes ثم get_pathway_compounds ثم render_pathway_ascii، ويسلّمك ملخصًا فيه اسم المسار والكائن الحي، ووظيفته في جملة أو جملتين، والإنزيمات الرئيسية بأرقام EC، والمستقلبات، والمخطط النصي، ثم يقترح عليك أمر kegg-drug خطوةً تالية. وفي ملف المهارة مثال توضيحي لتقرير إثراء خمسة جينات مضادة للأكسدة، هي SOD1 وSOD2 وCAT وGPX1 وPRDX1، يرتّب المسارات بعدد الجينات الواقعة في كل منها ويشرح دلالتها.
التثبيت والمتطلبات
- ثبّت uv على جهازك، فإعداد MCP في الحزمة يشغّل الخادم بالأمر uvx kegg-mcp-server، ويتطلب المشروع Python 3.11 أو أحدث.
- فك ضغط الحزمة في مجلد ثابت مع إبقاء الملفات المخفية، لأن إعداد الخادم وتعريف الإضافة في ملف ومجلد يبدأ اسماهما بنقطة. ثم شغّل Claude Code بالأمر
claude --plugin-dirمع المسار الكامل لمجلد plugin، وهذا تحميل للجلسة الحالية فقط. - يلزمك اتصال بالإنترنت، إذ ينزّل uvx الخادم المنشور عند التشغيل، والخادم يستعلم واجهة KEGG على الشبكة.
- أرفقتُ دليلًا عربيًا بهذه الخطوات وفهرسًا للمكونات. ولم أجهّز نسخة لـ claude.ai، فالأوامر والمهارة تعتمد على أدوات الخادم ولا تعمل دونه.
ما لا تقدّمه الحزمة
- لا تحوي بيانات KEGG ولا شيفرة الخادم؛ فيها ملفات الإضافة وإعداد تشغيله فقط.
- تنص صفحة واجهة KEGG على أن الواجهة للاستخدام الأكاديمي فقط، ويحتاج الاستخدام غير الأكاديمي ترخيصًا تجاريًا بحسب صفحة حقوق KEGG.
- تقيس المهارة الإثراء بنسبة الجينات الواقعة في المسار إلى حجمه، وهو ترتيب أولي لا يغني عن اختبار إحصائي معتمد ولا عن تفسير سريري.
- راجعتُ ملفات الإضافة وترخيصها.
الترخيص
الإضافة والخادم من Lucas Servi بترخيص MIT، وإشعار الحقوق فيه باسم Elytron Biotech، ونصّه الكامل داخل الحزمة.
